علی مطهری، نماینده پیشین مجلس شورای اسلامی در گفت‌وگویی با ایسکانیوز گفته بود: «از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌ای شدیم هدفمان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسأله را حفظ کنیم.» این سخنان مطهری بازتاب گسترده‌ای یافت و خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) نیز به‌نقل از یک «مقام مطلع» در سازمان انرژی اتمی ایران اظهارات او را تکذیب کرد.
ساعاتی پس از انتشار این مصاحبه، علی مطهری در سایت شخصی خود نوشت سخنانش «درست منعکس نشده است». او نوشت: «آن‌جا گفته شد که از ابتدا عده‌ای بودند که معتقد بودند ساخت این سلاح برای ترساندن دشمن مانعی ندارد، (…) ولی استفاده از آن اشکال دارد. این مطلب باعث شد که منافقین فعالیت هسته‌ای جمهوری اسلامی را به عنوان ساخت بمب گزارش کنند. ولی سیاست و هدف نظام هیچ‌گاه ساخت بمب هسته‌ای نبوده است چنان‌که مقام رهبری تولید آن را حرام اعلام کردند.»
مطهری در آن مصاحبه همچنین گفته بود: «کشوری که می‌خواهد استفاده صلح‌آمیز هسته‌ای داشته باشد، هیچ‌گاه از غنی‌سازی شروع نمی‌کند. بلکه ابتدا راکتور تأسیس می‌کند و بعد به حوزه غنی‌سازی وارد می‌شود، اما اینکه مستقیماً غنی‌سازی انجام دهیم این شائبه را ایجاد می‌کند که می‌خواهیم بمب بسازیم.»
یک مقام مطلع در سازمان انرژی اتمی ایران نیز در گفتگو با «نورنیوز» ضمن تکذیب اظهارات علی مطهری گفت: برنامه صلح‌آمیز هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران هیچ‌گاه جهت‌گیری نظامی نداشته و اظهارات افراد غیر مسئول در این زمینه ناشی از بی‌اطلاعی و یا رویکرد سیاسی خاص آنها است.
او افزود: وارد کردن اتهام پنهان‌کاری در فعالیت‌های هسته‌ای به کشورمان اقدامی است که از سال‌ها قبل دشمن برای محدود سازی برنامه صلح‌آمیز اتمی کشورمان دنبال کرده و هرگز موفق به اثبات آن نشده است.