کوکبی که به «ارتباط با دولت متخاصم» و « کسب درآمد نامشروع» متهم شده است، از بزرگترین نخبگان فیزیک اتمی جهان است و پیش بینی می شود در سالهای آینده به یکی از بزرگترین دانشمندان این رشته تبدیل شود، اما در صورت تداوم حضور در زندان این فرصت برای وی و کشور از بین خواهد رفت. امری که به نظر می رسد بخش هایی از وزارت اطلاعات با برنامه ریزی قصد آن دارند، چه گرایشی در این وزارتخانه عزم خود را جزم کرده تا از رشد علمی نخبگان ایرانی که اقلیت قومی یا مذهبی هستند ممانعت به عمل آورد.
امید کوکبی یکی از نخبگان المپیادی ایران است که حتی در دیداری که همراه با سایر نخبگان المپیادی با رهبری ایران داشت و از وی تقدیر شده بود. وی با کسب رتبه ۲۹ در کنکور توانست به طور همزمان در دو رشته فیزیک و مکانیک در دانشگاه صنعتی شریف تحصیل کند.
کوکبی پس از اخذ لیسانس به دلیل سطح بالای نمرات درسی اش، برای ادامه تحصیل با پیشنهادات زیادی از سوی دانشگاه های برجسته دنیا مواجه شد.
وی فوق لیسانس خود را در آلمان و دکتری را در اسپانیا در رشته فیزیک اتمی در گرایش لیزر کسب کرد. پس از اتمام دکتری مجددا از وی برای ادامه تحصیل دعوت به عمل آمد که با توجه به این که دانشگاه تگزاس آمریکا بالاترین سطح علمی را در رشته فیزیک اتمی در میان دانشگاههای دنیا داراست در سال ۲۰۱۰ به این دانشگاه رفت.
وی در دوران تحصیل خود چندین بار برای دیدار با خانواده خود به ایران سفر کرده بود اما در آخرین سفر در بهمن سال ۸۹ هنگام برگشت در فرودگاه امام خمینی بازداشت و به بازداشتگاه ۲۰۹ مربوط به وزارت اطلاعات منتقل شد. وی بیش از یک ماه در سلول انفرادی و یک ماه دیگر در سلول های چند نفره ۲۰۹ در حبس بوده و بازجویی های طولانی شد.
از نکات قابل توجه دوران بازجویی کوکبی آن است که از وی سوال شده چرا دولت آمریکا به تو ویزا می دهد؟ وی پاسخ داده چون من دانشجوی آنجا هستم. پرسیده اند که هنگام درخواست ویزا در سفارت آمریکا چه چیزی بیان کرده است؟ وی پاسخ داده از دلیل من برای ادامه تحصیل در آنجا سوال کرده اند که من گفته ام به دلیل علاقه ام به این رشته و کبود امکانات این رشته در ایران بوده است، بر اساس این پاسخ ها وزارت اطلاعات کوکبی را به «ارتباط با دولت متخاصم» متهم کرده است. همچنین در بازجویی ها از وی پرسیده شده چرا دانشگاه هزینه سفرهای تو به ایران را می دهد که وی پاسخ داده، این یک عرف است که هزینه های سفرها و کنفرانس های چهره های علمی را می پردازند که بنا بر این پاسخ به وی اتهام “کسب درآمد نامشروع” تفهیم شده است.
از دیگر نکات گفتنی بازجویی وی آن است که شفاها به این چهره علمی ناآشنا با مسایل حقوقی و بازجویی سوالاتی را مطرح می کردند و از وی پاسخ کتبی طلب می کردند، سپس برگه را از وی می گرفتند تا به گونه ای سوال را تنظیم کنند که بتوان از پاسخ داده شده، جرم استنتاج کرد. این البته شیوه ای است که درباره بسیاری از متهمان دیگر نیز در نهایت بی اخلاقی و بی قانونی به کار گرفته شده است. در نتیجه این شیوه کثیف برگه های تکنویسی از وی درباره اساتید دانشگاه شریف اخذ کرده و پاسخ های عادی وی را به عنوان اینکه وی اعتراف کرده که این اطلاعات را به دولت متخاصم داده، در پرونده وی گنجانده اند.
از دیگر رفتار غیرقانونی و ناجوانمردانه با کوکبی آن است که با توجه به شخصیت عاطفی وی، در دوران بازجویی بارها تهدید شده که در صورت عدم همکاری، خانواده اش بازداشت خواهند شد.
آخرین خبر درباره پرونده وی حاکی است که پس از ۸۸ روز از دوران بازداشت، بازپرس بیگی پس از تفهیم اتهامات به وی گفته که توسط قاضی صلواتی که در بین قضات دادگاه انقلاب به صدور سخت ترین احکام مشهوراست محاکمه خواهد شد تا آخرین حلقه از برنامه وزارت اطلاعات در ممانعت از رشد علمی اقلیت های قومی و مذهبی درباره این جوان ۲۹ ساله ایرانی تکمیل شود و وی دوران بلوغ فکری خود را در عزتکده ۳۵۰ اوین بگذراند. کسی که حتی در دوران تحصیل در خارج از کشور ارتباط خود با اساتید ایرانی از جمله در دانشگاه شریف حفظ کرده و بارها به همراه آنها یا به تنهایی مقالات علمی را در برجسته ترین نشریات علمی پژوهشی به عنوان یک دانشمند ایرانی منتشر کرده است.